종교 비영리법인 소속단체 범위 해석

"국내에 있는 그 소속 단체" — 2026. 2. 27. 시행령 개정의 의미와 실무 영향

핵심 요약

2026. 2. 27. 개정된 두 시행령(상증령 §12①1, 법인령 §39①1마)에 공통적으로 들어간 취지는 "세제혜택 대상 종교단체를 국내 소재 단체로 한정한다"는 것입니다. 즉 "국내에 있는 그 소속 단체"에서 새로 추가된 부분은 "국내에 있는"이라는 소재지 요건이고, 그 실질적 효과는 국외에 있는 소속 단체(해외 지부·현지 교회·해외 선교법인 등)를 일반기부금 대상에서 배제하는 데 있습니다.

1. 문언의 구조 — 무엇이 바뀌었나

구분	종전	개정 (2026. 2. 27.)
법인세법 시행령 §39①1마	「민법」 §32에 따라 허가받아 설립한 비영리법인 (그 소속단체를 포함한다)	비영리법인 및 국내에 있는 그 소속 단체

종전에는 "비영리법인(그 소속단체를 포함한다)"이라고만 되어 있어 국내 비영리법인의 해외 소속단체까지 일반기부금단체로 볼 여지가 있었지만, 개정 후에는 "국내에 있는 그 소속 단체"로 소재지를 명시했습니다.

2. "국내에 있는 그 소속 단체"의 해석

(1) "그 소속 단체" 부분 — 종전과 동일

여기서 "그"는 앞의 민법 제32조에 따라 문체부장관·지자체장의 허가를 받아 설립된 비영리법인(교단 총회, 종단, 재단법인 등)을 가리킵니다. "소속 단체"는 그 법인의 조직체계 아래 편입된 하위 단체 — 개별 교회·성당·사찰·노회·지방회 등 — 를 말하며, 법인격이 없어도 무방합니다.

실무 포인트

종교단체 기부금 공제를 받으려면 기부금영수증과 함께 그 개별 종교단체가 소속한 총회 또는 중앙회 등이 주무관청에 등록되었음을 증명하는 서류를 제출해야 합니다.

(2) "국내에 있는" 부분 — 새로 붙은 제한

수식 대상: 문언상 "국내에 있는"은 소속 단체만을 수식합니다. 앞의 비영리법인은 이미 민법 §32에 따라 국내 주무관청 허가로 설립된 법인이므로 국내 소재가 당연 전제이기 때문입니다.
판단 기준: 시행령이 별도 정의를 두지 않아, 결국 해당 소속 단체의 주된 사무소·실제 활동 거점이 국내에 있는지로 판단하게 됩니다.
배제되는 것: 국내 교단의 해외 지부·해외 선교센터·선교지 현지 교회, 국내 법인 산하로 편제된 재외 한인교회 등이 마목에서 빠집니다. 기업과 개인이 해외 교회나 해외 선교법인에 직접 기부할 때 받아온 세제혜택이 사라진다는 의미입니다.

3. 상증세법 시행령 §12 제1호 개정과의 연결

두 개정은 같은 날, 같은 목적의 한 쌍입니다.

법제처가 밝힌 상증세법 시행령 개정이유는 공익법인 등으로 인정되는 종교단체의 범위를 모든 종교단체에서 비영리내국법인 또는 거주자가 운영하는 경우로 조정한다는 것입니다. 종전에는 "종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업"이라고만 규정해 국내외 어디서든 종교사업을 실제로 수행하면 공익법인 등으로 인정받을 수 있었으나, 개정으로 "비영리내국법인 또는 거주자가 운영하는"이라는 제한이 앞에 붙었고, 그 결과 국내 교회나 선교단체가 외국법인 또는 해외 종교단체에 재산을 출연할 때 적용받던 증여세 과세가액 불산입(상증세법 §48①)을 더 이상 받을 수 없게 되었습니다.

두 조문의 관계는 다음과 같이 정리됩니다.

조문	제한 방식	효과
상증령 §12①1	받는 쪽의 인적 요건 (비영리내국법인·거주자)	국외 종교단체를 공익법인등에서 배제 → 출연 시 증여세 과세가액 불산입 차단
법인령 §39①1마	받는 쪽의 소재지 요건 (국내에 있는 소속 단체)	국외 단체를 배제 → 기부 시 손금산입·기부금세액공제 차단

출연 단계(증여세)와 기부 단계(손금·세액공제) 양쪽을 동시에 막은 구조이며, "국내에 있는"은 상증세법령의 "비영리내국법인 또는 거주자"와 짝을 이루는 표현으로 읽는 것이 자연스럽습니다.

4. 개정 배경 — 대법원 판결에 대한 입법적 대응

대법원은 2025. 5. 15. 선고 2025두30806 판결에서 "외국에서 종교사업을 수행하는 비거주자와 주된 사무소가 외국에 있는 비영리법인, 법인격 없는 사단·재단도 공익법인 등에 해당한다"고 판시했습니다. 해당 조항에 거주자에게만 적용된다는 명시적 제한이 없다는 이유였고, 해외 교회에 보낸 송금액에 증여세를 부과하고 송금자에게 연대납부의무까지 지운 과세처분은 위법하다는 결론이었습니다.

법원이 "명시적 제한이 없다"고 판단한 바로 그 자리에, 정부가 시행령으로 제한을 새로 만들어 넣은 셈입니다.

여기에 2024년 10월 국회에서 2020년부터 2024년 6월까지 증여성 해외송금이 약 163억 달러에 이르는데도 국세청 사후관리가 미비하다는 지적이 나온 점, 국외로 나간 돈에는 3년 내 공익목적 직접 사용, 전용계좌·결산서류 공시 같은 검증 장치를 적용할 수 없다는 점도 배경으로 작용했습니다.

판례 상세 — 대법원 2025. 5. 15. 선고 2025두30806 판결 【증여세부과처분취소】

구분	내용
사건번호	대법원 2025. 5. 15. 선고 2025두30806 판결 [공2025하, 1100]
원고(피상고인)	○○○교회
피고(상고인)	동안양세무서장
원심	수원고법 2024. 12. 6. 선고 2023누15601 판결
주문	상고 기각 (과세처분 위법 확정)

사안: 국내 교회(원고)가 외국에서 신도를 모집하고 예배 등 종교 활동을 하는 해외 교회들에 금원을 송금하자, 과세관청이 이를 증여로 보아 해외 교회들의 증여세 납부의무를 전제로 원고에게 연대납부의무를 지워 증여세를 부과한 사건.

판시 논리 (구 상증세법, 2017. 12. 19. 개정 전 기준):

조세법률주의 — 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해야 함
구 상증세법 §4의2는 거주자와 비거주자 모두를 증여세 납부의무자로 상정하고 법인격 없는 사단·재단에도 납부의무를 지우는 반면, 과세가액 불산입을 정한 §48① 본문에는 거주자에게만 적용된다는 제한이 없음
시행령 §12 제1호의 "종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업"이 국내에서 이루어지는 사업만 가리킨다고 볼 문언상 근거가 없고, 사업이 외국에서 이루어진다는 사정만으로 공익과 무관하다고 할 수 없음
공익법인 결산서류 공시 서식(별지 제31호의2)이 고유목적사업에 '국제개발, 해외원조'와 '종교의 보급 및 활동'을 중복 선택할 수 있게 하고 국외 주요사업지역을 표기하도록 한 점도 외국 종교사업이 포함될 수 있음을 뒷받침

→ 따라서 외국에서 종교사업을 수행하는 비거주자·외국 소재 비영리법인·법인격 없는 단체도 '공익법인 등'에 해당하며, 해외 교회들에 증여세 납부의무가 성립하지 않는 이상 연대납부의무를 전제로 한 과세처분은 위법.

5. 실무상 유의점

통로(pass-through) 구조 주의 — 국내 교회가 성도나 기업으로부터 해외선교 지정헌금을 받아 그대로 해외로 내보내는 구조라면, 국내 단체가 자금에 대한 실질적 재량과 통제 없이 통로 역할만 했다고 판단될 경우 기부금영수증 발급 자체가 문제될 수 있습니다.
적용시기 쟁점 — 상증세법 시행령 §12 개정의 적용시기가 시행일이 속하는 과세기간·사업연도 분부터로 정해져, 12월 결산 법인·개인은 사실상 2026. 1. 1. 이후 전체가 적용 범위에 들어갑니다. 공포 전인 1~2월에 이미 집행한 금액까지 대상이 될 수 있어 소급과세 금지·신뢰보호 원칙 위반 소지가 지적되고 있습니다. 부칙의 정확한 문언은 확인이 필요합니다.
"국내"의 경계 사례 — 국내 등록 단체가 국외에서 사업만 수행하는 경우, 반대로 해외 조직이 국내에 사무소를 둔 경우 등은 문언만으로 명확하지 않아 국세청 유권해석이 필요한 영역입니다.

문의

세무법인 열림 | 정찬빈 세무사

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본 자료는 교육 목적으로 작성된 일반적인 안내이며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 실제 신고·의사결정 전에는 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 세법은 개정될 수 있으므로 최신 법령을 확인하세요.